Niedobory niezawinione towarów

W spółce z o.o., zajmującej się hurtową sprzedażą wyrobów ze szkła, w wyniku inwentaryzacji towarów na podstawie spisu z natury stwierdzono niedobory w kilku pozycjach asortymentowych. Niedobory zostały zakwalifikowane jako niezawinione, ponieważ powstały na skutek stłuczek podczas przyjmowania i wydawania towarów z magazynu (towary podatne na uszkodzenia), oraz prawie w całości zmieściły się w ustalonym przez jednostkę limicie ubytków naturalnych. Czy powstałe różnice inwentaryzacyjne należy ująć w księgach rachunkowych jako straty nadzwyczajne, czy też zaliczyć je do pozostałych kosztów operacyjnych? Czy stanowią one koszty uzyskania przychodów? Czy powyższe zdarzenie gospodarcze wywołuje skutki podatkowe w zakresie VAT?